在EM渗入水体后，其有益微生物的群体作用能抑制病原微生物的繁殖和有害物质的生成，调节养殖环境，增加水中溶氧量(氧气)，促进养殖生态系中的正常菌群和有益藻类正常生长，保持养殖水体的生态平衡。如将EM拌入饵料投喂，直接增强了鱼类的吸收功能和抗病抗逆能力，促进健壮生长。EM中的光合菌还能利用水中的硫化氢、有机酸、氨及氨基酸，兼有反硝化作用，去除水中的亚硝酸铁，因而能使养殖池中的排泄物和残饵污染无害化，使养殖水体得到净化，改善水质，减少鱼博EM可以提高水产品的质量，在市场竞争中更具有价格优势。
1．EM使用的具体方法
(1) 清塘放水前7天，每亩用10～20公斤EM代替石灰等均匀喷洒池塘，达到净化水体的目的。石灰会杀死有益生物，不能与EM混用。
(2) 在放养前8～10天，每亩用5～10公斤EM 2～3倍泼洒水面，开始15天一次，以后1个月一次。污染较重的地方，视当地的实际情况适当缩短泼洒时间。
(3) EM鱼饵料制作：由于鱼饵料为颗粒状，可用较高浓度的EM稀释液喷洒饵料，以喷湿为度。喷后马上投喂，否则就会散开。
(4) 粪便的处理：投入鱼池的粪便必须先用EM处理，EM与粪便的比例为1:200～1:300，二者混匀，存放7天后再投喂。
鱼虾和其他各种水产动物使用方法相同，使用EM后均可起到清除腐败、净化水质、降低死亡率、提高成活率、改善肉质、明显增产的效果。
网箱养鱼应用EM有两种方法：一是EM发酵饲料投喂；二是用EM浸泡海绵等蜂窝状的物体，然后再悬挂在网箱中间，通过鱼的游动使EM不断地扩散。EM悬挂物体一星期左右更换一次，可以使网箱的水体环境大为改观。
2．在对虾养殖中的应用
据有关报道，针对近年来对虾养殖低产多病的难题，用EM液在对虾养殖全过程进行处理，在老式自然纳潮进水的虾塘，试验组池塘水质稳定，85天养成52尾大规格商品虾，产量达每亩227公斤，比对照组产量(138公斤)每亩净增产89公斤。可见EM技术确实是一项操作简便、效果显著的对虾养殖技术。
（1）试验处理：试验分为试验组和对照组，试验组面积为7.5亩，对照组面积为12亩，均选用自然纳潮进水老式虾塘，每池设置两台增氧机，试验期间水温24～32℃，海水盐度为10‰～22‰，两组均投虾苗每亩1.3万尾。
① 清塘处理：试验组先按常规办法清除野杂鱼虾，于放养前2周用EM菌液处理塘底。具体方法：将池塘水排至尽可能低的水位，但必须保持池底湿润，按每亩2.5公斤EM菌液的量泼洒塘底，先泼洒其中的一半，翻耕后再泼洒另一半；一星期后进水，同时按每亩1公斤菌液的量泼洒池塘，然后按常规方法培育水质，适时投放虾苗。
② 水质处理：放苗后每半个月泼洒一次EM液，用量为每亩1.5公斤，后期延至1个月泼洒一次。
③ 饲料处理：用EM液直接喷洒饲料后再投喂，用量为每公斤饲料喷25毫升EM液，每天一次。
在养殖全过程中不施用任何消毒剂。共换水两次，不定期抽淡水补充到正常水位。对照组按常规方法清塘及养殖。试验期进行三次水质和底质分析，即清塘前一次，投苗后一个月和投苗后两个月各进行一次。
（2）结果与分析
① 溶氧：由于试验组与对照组均有增氧机，溶氧相差不显著。
② 水质：试验组水色为黄绿色，体现水体中绿藻占多数，能很好地保持水质稳定。对照组水色多变，水体富营养化严重，水质不稳定。
③ 氨氮含量：从三次水质分析看，试验组氨氮由每升0.2毫克上升到0.6毫克，表明随养殖时间的延长，水体污染程度并不加重。对照组氨氮由每升0.2毫克上升到0.8毫克，甚至达到每升1.2毫克，表明随着养殖时间的延长，水体污染越来越严重。
④ 生化需氧量：试验组生化需氧量低于对照组，并随着养殖时间的延长而逐渐降低；而对照组生化需氧量则明显升高，表明水体污染日趋加剧。
⑤ 硫化氢含量：试验组硫化氢污染(0.08毫克／升)低于对照组(0.25毫克／升)，随着养殖时间的延长，试验组硫化氢污染增加不明显。
⑥ 底质分析：从感观上，试验组与对照组相比，对照组黑化区域明显增大，并且随养殖时间的延长，硫化氢味也逐渐加浓；而试验组有发酵香味，可能由于EM菌群使底质有机残饵、虾粪等发酵的结果。
⑦ 成活率和产量：对照组后期水质污染严重，白斑病暴发，陆续出现死虾，为减少损失，于9月25日起捕，只养殖了70天，规格较小，为每公斤76尾。试验组成活率为79％，比对照组高，并且养殖期间水质稳定，始终未发生过疾病，能养成较大规格，每公斤52尾，因而产量大大提高，产量可达每亩227公斤，比对照组每亩138公斤增产89公斤。
⑧ 饵料系数：试验组饵料系数为1.2，低于对照组的1.4。这可能是EM有改善饲料的适口性和提高饵料蛋白质质量的缘故。
通过上述试验，可以肯定的是有效微生物复合菌液可以改良底质，稳定水质，是保证对虾养殖成功的重要技术。EM菌液运用在对虾养殖中，必须将塘底处理、水质处理、饲料处理三项措施结合进行，才能更有效地发挥作用。EM菌液处理对虾养殖全程，由于没有再施用化学药剂，因而生产出来的水产品是比较完全和无污染的绿色食品，并可避免水产品产生所谓的抗药性，一旦出现虾病时用药救治也容易见效。多年连续使用EM菌液的虾塘必定能形成有效微生物菌群的生态优势，达到虾塘环境的良性循环，保证对虾养殖持续发展。
