在绿色农业已成为世界农业发展方向的今天，大力提倡和使用微生物，走可持续发展的道路是我国农业发展的必然趋势和选择。

    微生物的数量和种类相对稳定，与宿主间不停地进行着物质和能量的交换，一方面宿主为微生物生存提供营养和条件，另一方面微生物为宿主提供生物拮抗、免役、维生素及食物消化吸收等多种生理功能，这种与宿主和平相处、互为有利的共生菌群称作正常菌群，正常菌群之间、正常菌群与宿主之间以及正常菌群与微生物之间存在的密切关系，构成了微生物的生态系统。

    微生物个体微小，其比表面积比其他任何生物都大。巨大的比表面积与环境接触，成为巨大的营养物质吸收面、代谢废物面和环境信息接受面，因而使微生物具有惊人的代谢活性；微生物的营养类型、理化性状多种多样，凡有生物的各种环境，乃至其他生物无法生存的极端环境中，都有微生物存在。它们的代谢活动对环境中形形色色污染物的降解转化起着至关重要的作用；微生物能合成各种降解酶。酶具有专一性，又有诱导性，对于环境中的污染物，微生物通过其灵活的代谢调控机制而将其降解转化；巨大的比表面积使微生物对生存条件的变化具有极大的敏感性。又由于微生物繁殖快、数量多，可在短时间内产生大量变异的后代，对进入环境的“陌生”污染物，微生物可通过突变，改变原来的代谢类型，使污染物降解。

    肠道正常菌群的维持受到微生物和宿主的共同影响，宿主的食物残渣为肠道细菌生长提供了丰富营养，肠道黏膜的表面积为肠道菌群的生长繁殖提供了广阔空间，但食物中的毒素、抗生素等有害物质也时时威胁着肠道菌群的平衡，并且肠道的蠕动增加了将微生物排出肠道外的动力，胃酸和胆汁对病原菌的生长繁殖也有抑制作用。为了适应这些不利因素的影响，肠道细菌必须快速繁殖，并且尽可能地定殖在肠黏膜上，否则将失去在肠内存活的机会。微生物通过营养和空间的竞争，调节着肠道内菌群的种类和数量，优胜者生存下来组成了稳定的肠道菌群，它们赋予宿主多种生理功能，主要表现在以下两个方面。

    把食物中大分子分解成小分子物质，促进食物的消化吸收。肠道微生物可以分泌纤维素酶。蛋白酶和脂肪酶，将难于吸收的物质转变成易于消化吸收的小分子。瘤胃微生物在这方面的作用最为显著，反当动物本身不能利用纤维素物质，而是依赖于瘤胃内的微生物分泌的纤维素酶和半纤维素酶等酶类降解不溶性纤维素物质，生成可利用的糖，供给机体利用。
    产生多种营养物质。肠道微生物在代谢过程中，产生多种氨基酸、维生素等生理活性物质，供机体直接吸收利用。人类中常见的维生素缺乏症，多是肠道菌群不平衡所致。